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L'agriculture au Japon est conditionnée par la rareté des terres cultivables, qui représentent moins de 14% de la surface totale du pays (33% en France ). Et cette proportion diminue de jour en jour avec l'empiétement progressif des villes et des moyens de communication. De plus, à peine 4% de la superficie du sol sont occupés par des prairies, ce qui ne favorise pas les activités d'élevage.

Les cultures se font en plaine principalement et, lorsque les conditions de terrains sont adaptées, en terrasse, la riziculture irriguée étant le trait dominant du paysage agricole japonais. La moyenne de la superficie de chaque champ cultivé est d'environ un hectare ( = 10 000 m²) par famille ou par ferme (au total un peu moins de 6 millions ), d'où le nombre majoritaire de très petites exploitations et du paysage morcelé qui s'ensuit, d'autant plus que 2 millions de familles ne peuvent cultiver plus de 50 ares ( 1 are =  100 m carré )  et 2 millions d'autres ne possèdent qu'un hectare. Sur environ 6 millions d'hectare cultivés, 5 800 000 sont situés à Honshu. Shikoku, Kyushu et Hokkaido, ne possédant qu'environ 250 000 hectares cultivables ( mais ce chiffre est en train d'augmenter, de nombreuses terres étant gagnées à la culture sur les forêts de basse altitude). La petitesse des exploitations familiales fait que les paysans ne peuvent en général pas vivre uniquement de leur productions : plus des deux tiers ont des activités parallèles, artisanat ou petit commerce, pêche ou travaux salariés en usine ou autre.

Le riz ( kome en japonais ) représente la principale culture vivrière,
avec d'autres céréales comme l'orge, le seigle, l'avoine et le blé. La culture étant intensive, le taux de rendement de récolte est le plus haut d'Asie par rapport à la surface cultivée : le Japon produit en effet une moyenne de plus de 57 quintaux ( 1 quintaux = 100 kg ) de riz à l'hectare (moyenne mondiale : 31 quintaux ) et la superficie occupée par les rizières représente 45% des terres cultivées. Cette moyenne élevée est obtenue grâce à l'utilisation de graines sélectionnées, d'engrais chimiques modernes et d'une irrigation suffisante, sans compter le talent et le travail des paysans. La quantité de riz ainsi produite peut suffire ( à raison d'une ration de 2 000 calories par jour et par personnes) à nourrir 15 personnes par hectare cultivé, alors que la même quantité de blé ne pourrait en nourrir que 9. Mais la vente du riz et autres céréales ( le blé ne représente que 5% des terres cultivées ) ne suffit pas à assurer le budget d'une grande famille "moderne". Les moyens mécanisés permettant d'employer moins de personnes ont contribué à faire diminuer dans de grandes proportions la population agricole. D'environ 16 millions vers 1950, cette population est descendue à environ 9 millions et ne représente qu'environ 7,2% de la population active. Dans les années de moindre production, comme en 1992 et 1993, l'été ayant été froid, le Japon se voit obligé d'importer du riz, ses réserves n'étant plus que 300 ou 400 000 tonnes ( au lieu d'un million de tonnes ), ce qui est largement insuffisant. L'agriculture est en général est sous productive, et la balance agricole globale du Japon ( y compris l'exploitation des forêts et la pêche ) est très largement déficitaire. La plupart des exploitations agricoles ne peuvent survivre que grâce à des subventions gouvernementales, malgré les doubles récoltes faites au sud de Kantô  (riz, blé, orge...) ou les triples récoltes dans le sud ouest.

En dehors des céréales, la plupart des agriculteurs cultivent des légumes et ont souvent, dans le sud, des plantations de théiers et de tabac et, surtout dans le nord, des vergers. A Kyushu on produit également une variété d'oranges ( mikan ). Sont également cultivées dans le nord d'autres arbres fruitiers comme les cerisiers, les abricotiers, les pêchers, et sur les pentes fertiles des volcans du centres du Honshu, la vigne prospère. Sur les hautes terres sont plantés, sur environ 100 000 hectares, des mûriers nécessaires à la nourriture des vers à soie.

Quand à l'élevage, il n'est jamais intensif en raison du peu de pâturages Il est surtout pratiqué dans le nord du Honshu et en Hokkaido. Bien que plus de la moitié des fermes possèdent quelques animaux ( volaille, porcs, bœufs...), la majorité des élevages prend place dans le Tohoku et la partie orientale de Hokkaido où se trouvent les prairies les plus grasses. Le gouvernement a fortement encouragé l'élevage des bovins.
( environ 4,90 millions) surtout pour les produits laitiers. Les bovins sont relativement peu nombreux ( 28 000 têtes ), les moutons n'étant élevés que pour leur laine. Ce sont principalement les porcs ( facile à élevé, ils ne requièrent pas beaucoup d'espaces et de nourriture) qui constituent l'essentiel de l'élevage familial ( un peu plus de 11 millions de tête ). Les chevaux sont peu nombreux en raison du manque de pâturages.

Aujourd'hui, le Japon est totalement dans l'importation, en grande partie grâce au manga, mais les autres pays n'ont cessés d'étendre leur influence économique comme le prouve
cet extrait de "les fils de la Terre" :  

dans cet extrait, le premier ministre du Japon explique à ses collègues que à peine 2 ingrédients d'un plat japonais est réellement japonais, il montre que l'importation prend tant d'ampleur que même le bétail ne se nourrit plus de la nourriture de son pays d'origine