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Certaines époque du Japon sont appelées par le nom de la capitale du pays à l’époque y correspondant. 

Nara fut pendant le VIII^e siècle la capitale du Japon, sous le nom de Heiju.

(ou Heizei-kyu), depuis sa fondation en 710 (lors de l'accès au trône de l'impératrice Gemmei), jusqu'en 784, c'est-à-dire durant l'époque de Nara.

Elle représenta la première véritable capitale fixe du pays. Avant 710, les capitales se déplaçaient de royaume en royaume. En effet, selon les anciennes conceptions du shintoïsme, la mort constituait l'impureté la plus grave. Lorsqu'il s'agissait de la mort du souverain, alors l'impureté frappait la capitale ; il fallait donc détruire les palais et les reconstruire ailleurs. Au début du VIII^e siècle, on comprit qu'il fallait créer un centre plus durable pour le gouvernement et l'administration de l'État.

 1/ Nara

La ville de Nara est située à l'extrême nord de la

préfecture de Nara. Nara mesure 22,2 km du nord au sud et 33,5 km de l'est à l'ouest. Selon son plan originel, la ville mesurait 2 km sur 4,3 km.

Le point le plus élevé de la ville est le Kaigahira-yama, une colline culminant à 822 mètres d'altitude. Une très large avenue, qui partait de la porte Rasomon au Sud, coupait l'agglomération en deux et menait tout droit aux palais impériaux. C'est l'avenue Suzaku, large de 70 m et bordée de saules. Les deux secteurs ainsi formés sont découpés en quartier par les rues qui se coupent à angle droit. Ce plan semble être inspiré de celui de la ville de Xi'an, la capitale chinoise de l'époque. La ville de Nara aurait aussi été conçue par des immigrants du royaume de Paekche.

À droite et à gauche, des palais devaient figurer deux temples bouddhistes de grandes dimensions : le Todai-ji et le Saidai-ji (le "grand temple du Levant et le grand temple du Couchant"). On ne construisit en fait que le Tôdai-ji, qui, plusieurs fois reconstruit et de dimensions plus réduites, existe encore aujourd'hui au milieu du Parc de Nara.

Après la fin de l'époque de Nara, la ville fut renommée Nanto ("Capitale du sud") et perdit de son importance. Elle eut à subir de nombreuses destructions pendant les diverses guerres civiles, et fut incendiée par les Taira en 1180 au terme du siège de Nara, au cours de la guerre de Gempei.

 2/ Nagaoka

Naoyori Hori est nommé seigneur de Nagaoka par les shoguns Tokugawa en 1616. Hori lance la construction d'une ville fortifiée (nommée Nagaoka) ainsi qu'un château dans la région Zaôdô, sur le fleuve Shinano. Malheureusement, cette région est régulièrement inondée, un nouveau château est alors construit sur le site actuel de Nagaoka, en 1617.

Nagaoka prospère sous le règne des 13 générations du clan Makino de l'Époque d'Edo. Lors de la guerre de Boshin en 1868, durant l'Ère Meiji, le général Tsugunosuke Kawai mène les forces de Nagaoka contre le gouvernement Meiji. Nagaoka est vaincue, et la cité réduite en ruines. Une cité voisine lui fait alors cadeau d'une centaine de sacs de riz, qu'ils revendent pour créer une nouvelle école. Ils privilégièrent l'investissement sur du long terme, plutôt que l'assouvissement de la faim immédiate. Le 31 mars 2010, Kawaguchi fusionne avec Nagaoka.

 3/ Heian-kyô

Heian-kyo se lit littéralement "capitale tranquille et paisible", elle fut la capitale impériale du Japon entre 794 et 1868, abritant le Kyoto-gosho (palais impérial). Elle représente aujourd'hui le centre de la ville de Kyoto.

L'empereur Kammu y établit sa capitale en 794, déplaçant la cour impériale depuis la ville avoisinante de Nagaoka-kyo. La ville demeura le centre de décision politique pendant toute l'époque de Heian, jusqu'à l'année 1185 (hormis pendant six mois où il fut transféré à Fukuhara-kyo) et la montée du pouvoir du clan Minamoto, établissant ainsi le shogunat de Kamakura. Plus tard, l'empereur tente brièvement de reprendre le pouvoir politique lors de la restauration de Kenmu.

Bien que le pouvoir politique restât aux mains des samouraïs pendant trois différents shogunats, Heian conserva le siège du pouvoir impérial jusqu'à ce que ce dernier soit déplacé à Edo en 1868. Comme il n'existe pas de loi faisant de cette dernière la capitale du Japon, certains soutiennent que Kyoto (Edo) reste la vraie capitale aujourd'hui.

 4/ Kamakura

Kamakura est une ville de la préfecture de Kanagawa, au Japon. Elle est située au bord de l’océan Pacifique, à 50 km au sud-ouest de Tokyo (environ une heure de train) et un peu moins de Yokohama. La ville a été fondée sur la péninsule de Miura. Elle s'étend sur 39,60 km² et compte 174 016 habitants en 2010.

Kamakura revêt une importance historique pour le Japon. En 1192, le shogun Minamoto no Yoritomo décida d’installer sa nouvelle capitale à Kamakura, y déplaçant du même coup le centre politique du Japon. C'était l'époque où les shoguns prenaient le dessus sur l'empereur (Mikado). Le gouvernement de Kamakura domina le Japon pendant plus d'un siècle, jusqu’en 1333 (voir Période Kamakura).

Aujourd’hui, Kamakura est une ville balnéaire, touristique et bien tranquille pour le touriste arrivant en train depuis Tokyo. Elle présente de nombreux points d'intérêt pour les visiteurs.

 5/ Kyoto

Kyoto se lit littéralement "ville capitale", c'est une ville japonaise de la région du Kansai, au centre de Honshu. Elle fut de 794 à 1868 la capitale impériale du Japon, sous le nom de Heian-kyo ("Capitale de la paix et de la tranquillité"). Elle est aujourd'hui la capitale de la préfecture de Kyoto ainsi que l'une des grandes villes de la zone métropolitaine Keihanshin (Osaka-Kobe-Kyoto). Sa population est de 1,46 million d'habitants (estimations 2010).

L'avènement du shogunat Tokugawa en 1600 fit perdre à Kyoto son rôle de centre politique et administratif au profit d'Edo, lieu de résidence des shoguns. Toutefois, Kyoto resta la capitale impériale du Japon jusqu'au transfert de la résidence de l'Empereur à Edo en 1868, lors de la restauration de Meiji. Après qu'Edo fut rebaptisée Tokyo (signifiant « la capitale de l'Est »), Kyoto fut connue peu de temps sous le nom de Saikyo (« la capitale de l'Ouest »).

Épargnée par les bombardements de la Seconde Guerre mondiale, Kyoto échappa de peu à la destruction atomique, car la ville figurait en tête des cibles désignées par le comité des objectifs américain. La ville fut finalement rejetée à la suite de l'intervention du secrétaire de la Guerre des États-Unis Henry Lewis Stimson et de conseillers, dont le Français Serge Elisef, qui connaissaient la richesse culturelle de la ville, et estimèrent que sa destruction serait un obstacle grave à une réconciliation ultérieure avec le Japon.

 6/ Edo

Edo est l'ancien nom de Tokyo. Pendant le règne des shoguns Tokugawa, l'empereur du Japon a régné en majesté isolée à la capitale impériale de Kyoto ; Toutefois, le véritable centre du pouvoir, le gouvernement, l'économie et la vie sociale était Edo, où le Shogun a vécu et a gouverné le pays.

 7/ Kyoto

Voir 5 

 8/ Tokyo

Au temps féodal, l'actuelle préfecture de Tokyo faisait partie de la province de Musashi, et plus précisément, à la période Sengoku, du domaine du clan Go-Hōjō. Après la défaite de ces derniers face à Hideyoshi Toyotomi en 1590, ce dernier offre les neuf provinces de la région du Kantō à Ieyasu Tokugawa qui choisit alors le petit village d'Edo, centré autour d'un château construit en 1457, pour servir de capitale à son domaine.

Ieyasu devient Shogun après la bataille de Sekigahara en 1600 et Edo devient de fait le centre politique du Japon, ouvrant ainsi ce que les historiens appellent l'ère d'Edo, et cela même si officiellement Kyoto reste la capitale comme lieu de résidence des empereurs. Tous les daimyōs avaient une résidence à Edo et il fallait que leurs épouses et fils héritiers y demeurent. La ville regroupe bientôt une population importante et dense et ainsi, malgré le Grand incendie de Meireki en 1657 qui détruisit une grande partie de la ville et tua près de 100 000 personnes, Edo compte au xviiie siècle près d'un million d'habitants sur une population totale de 30 millions pour tout le Japon.

En juillet 1868, à la suite de la "révolution Meiji", l'empereur Mutsuhito choisit Edo comme nouveau lieu de résidence et la ville est renommée Tōkyō, "la capitale de l’est". En 1868, le gouvernement spécial de Tokyo est fondée en regroupant la zone urbaine (divisée en 15 arrondissements en 1877) et les environs (6 districts), et en 1889 les 15 arrondissements forment la "Ville de Tokyo". En 1932, 5 des 6 districts sont réunis à la commune de Tokyo qui compte désormais 35 arrondissements.

En 1947, la préfecture et la Ville de Tokyo ont fusionné (en absorbant également des districts à l’Ouest) et la « préfecture métropolitaine de Tokyo » (Tōkyō-to) a été créée. La commune de Tokyo n'existe donc plus, ses arrondissements, réorganisés pour former les actuels 23 arrondissements spéciaux, devenant des municipalités distinctes, mais elle constitue donc une préfecture au statut particulier étant donné sa fonction de capitale.

La préfecture a été durement éprouvée dans la première moitié du xxe siècle tout d'abord par le tremblement de terre de Kantō de 1923 (faisant 142 807 morts et disparus) puis par les nombreux bombardements qu'elle a dû subir durant la Seconde Guerre mondiale (plus de 100 000 morts). Une grande partie de la ville fut détruite au cours de ces deux catastrophes, entraînant à chaque fois la nécessité d'importants travaux de reconstruction. Ceci explique que, tout en ayant conservé un certain nombre de monuments historiques anciens, l'essentiel de la ville a développé une architecture particulièrement moderne. Entre 1946 et 1948, Tokyo a été le siège Tribunal militaire international pour l'Extrême-Orient, plus connu sous le nom de Tribunal de Tokyo, chargé de juger les plus grands criminels de guerre japonais.

Les Jeux olympiques d'été de 1964 ont eu lieu à Tokyo, ce qui a alors été l'occasion de la construction de nombreuses infrastructures (notamment des autoroutes et moyens de transport). Par la suite, la métropole connaît une croissance phénoménale durant le boom économique que connaît le Japon durant les années 1960 (10 % de croissance économique en moyenne par an), 1970 (5 % de croissance) et 1980 (4%), l'aire urbaine, la plus importante du monde en termes de nombre d'habitants, dépassant aujourd'hui largement des frontières de la préfecture et englobant totalement les préfectures voisines de Kanagawa, Saitama et en partie celle de Chiba.

En 1995 une attaque terroriste au gaz sarin par la secte Aum dans le métro de Tokyo fait douze morts et 5 500 blessés. Le 7 septembre 2013, la ville est choisie par le Comité international olympique pour accueillir les Jeux Olympiques d'été en 2020.

Tokyo est l'actuelle capitale du Japon, ses édifices semblent inspirées de New-York, par ses immenses grattes-ciel et sa densité assez importante (6 041 hab./km²).