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Tout d'abord le terme "Shogun" est l'abréviation du titre sei-i-tai shogun, "gouverneur militaire contre les Barbares", il est conféré par l'empereur aux chefs allant combattre les Ezo dans le nord du Honshu, désignés aussi comme des rebelles de l'empereur. A l'époque de Kamakura, ce titre fut donné (toujours par l'empereur ) au plus puissant des chefs de clans militaires, en l’occurrence à Minamoto no Yoritomo en 1192. Par la suite, il fut porté à l'époque Muromachi par les chefs de la famille Ashikaga. En 1603, le titre fut conféré à Tokugawa Ieyasu et à ses descendants, qui le conservèrent jusqu'en 1868.

En fait, les shogun étaient des sortes de dictateurs militaires gouvernant à la place de l'empereur dont ils tenaient leur autorité, l'empereur demeurant le chef spirituel de la nation japonaise. Le pouvoir des shogun varièrent cependant selon les époques. A celle de Kamakura, le shogun dirigeait le bakufu en s'aidant des trois organismes : le Mandokoro, le Samurai-dokoro, et le Monchugo. Il avait autorité directe sur les shugo et jito des shoen. Il était assisté par des sortes de de régents, les shikken. Il en fut approximativement de même des shogun Ashikaga. Mais à l'époque d'Edo, le shogun dirigeai le pays à l'aide d'un conseils de tairo ( un Ancien de l'époque, c'est-à-dire considéré comme un grand sage) qui, à son  tour, contrôlait le gouvernement grâce à trois "agences" : des metsuke, des rôju et des wakadoshiyori ; le shogun lui même avait autorité sur les bugyô et les daimyô, ainsi que sur ses vassaux directs, kenin et hatamoto. A la fin du shogunat d'Edo, le tuteur du shogun représentant celui-ci à la cour impériale avait le titre de shogun koken-shoku.